Você deseja
UPDATE FROM :UPDATE N1
SET N1.is_last_child = 1
FROM Node N1
LEFT OUTER JOIN Node N2
ON N1.ID = N2.Parent_ID
WHERE N2.ID IS NULL
A junção externa esquerda é conceitualmente a mesma que usar
NOT IN só que é mais fácil de ler e você não precisa de um monte de consultas aninhadas. 
