Então acabei usando o fputcsv para colocar os dados que alterei em um novo arquivo CSV, depois usei o comando LOAD DATA INFILE para colocar os dados do novo arquivo csv na tabela. Isso mudou o tempo limite de 120 segundos para 1.000 entradas para cerca de 10 segundos para fazer 10.000 entradas. Obrigado a todos que responderam.