Este é um divisão relacional problema.
A maneira como você sugere com o
COUNT é provavelmente o mais fácil no MySQL SELECT product_id
FROM product_attributes pa
WHERE (attribute='size' and value='medium')
OR (attribute='colour' and value='blue')
GROUP BY product_id
HAVING COUNT(DISTINCT CONCAT(attribute,value) ) = 2
Existe outra abordagem com duplo
NOT EXISTS no artigo vinculado, mas como o MySQL não suporta CTEs, isso seria bastante complicado. 
