Isso pode ajudar:
Se você quiser ignorar os valores -1 da média:
SELECT AVG(`a`), AVG(IF(`b` > -1, `b`, NULL)), AVG(`c`) FROM `t`;
Se você quiser considerar os valores -1 na média:
SELECT AVG(`a`), AVG(IF(`b` > -1, `b`, 0)), AVG(`c`) FROM `t`;
Eu assumi nomes de colunas e tabelas fictícios e assumi a coluna
b como aquele para o qual você deseja considerar apenas valores>=0. Sinta-se à vontade para colocar nomes de acordo com seu esquema. 
