Isso ocorre porque também há configuração de correspondências máximas por consulta e o padrão é 1000.
em sphinx.conf você pode definir algo como
max_matches = 10000
ou adicione max_matches à sua consulta
$this->SetLimits(41, 24, 10000);
max_matches = 10000
$this->SetLimits(41, 24, 10000);