Para cada início, use uma consulta para obter o próximo horário de término. Depois é só calcular a diferença. A lógica é algo assim:
select t.*, timestampdiff(second, dt, next_dt)
from (select t.*, addtime(t.date, t.time) as dt,
(select addtime(t2.date, t2.time)
from table t2
where addtime(t2.date, t2.time) > addtime(t.date, t.time) and
status = 'end'
order by addtime(t2.date, t2.time) desc
limit 1
) as next_dt
from table t
where status = 'start'
) t
Isso pressupõe que suas colunas de data e hora sejam armazenadas usando os tipos de banco de dados apropriados (
date e time ). Se você os estiver armazenando como outra coisa, terá que complicar desnecessariamente a lógica para convertê-los para os formatos internos. 
