Você pode ser capaz de enganá-lo e usar um regex para procurar:
"(.*?)"(?=,|$)
Mas isso é meio hack-ish (basicamente, só aceite uma aspa final quando imediatamente seguida por uma vírgula ou um fim de linha). A mesma lógica se aplicaria a um localizar-substituir. (Novamente, tudo isso pressupõe que uma cotação "perdida" nunca seguirá as regras CSV padrão (por exemplo, ter uma vírgula/linha [início/fim] antes ou depois))
Presumo que você não tenha controle sobre os dados originais e tenha que trabalhar com o que tem?
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Embora eu só tenha tentado isso em um pequeno amostra de seus dados, isso parece encontrar as aspas "perdidas", para as quais você pode usar uma substituição com
"" sobre:(?<!^|"|,)"(?!"|,|$)
