Usando declarações preparadas PDO:
$placeholders = str_repeat('?, ', count($array)-1) . '?';
$stmt = $pdo->prepare("SELECT * FROM table WHERE field IN ($placeholders)");
$stmt->execute($array);
$placeholders conterá uma sequência de ?, ?, ? espaços reservados, com o mesmo número de ? como o tamanho da matriz. Então, quando você executa a instrução, os valores da matriz são vinculados aos espaços reservados. 
