JDBI não é muito adequado para construir consultas dinâmicas. IMO, o objetivo desta biblioteca é separar o código e as consultas SQL o máximo possível.
No entanto, seu caso particular pode ser resolvido por meio de SQL:
COALESCE(:foo, foo)
se 'foo' for o nome da coluna na tabela, e :foo resolverá como NULL, então mysql SET será efetivamente
SET foo=foo
ou seja, não fará nada (o que é o comportamento desejado no seu caso). Se :foo não for nulo, será equivalente a
SET foo=:foo
