Não, a versão atual (5.2.10 beta) não suporta isso.

No entanto, o formato do arquivo não é proprietário - é um arquivo zip simples. Ele contém um único documento XML que é o modelo de banco de dados completo. Eu escrevi esta pergunta SO alguns meses atrás com o mesmo objetivo que você parece ter. Eu queria poder fazer svn diff model.mwb

A resposta que obtive lá me ajudou a escrever um pequeno script que descompactou o arquivo antes de passá-lo para a ferramenta diff. Funcionou decentemente e se você estiver interessado posso postar em algum lugar.

Recentemente, também iniciei um tópico no fórum do Workbench sobre esta questão. Espero que alguém da equipe de desenvolvimento possa fornecer mais informações sobre isso.

EDIT:agora está sendo rastreado por MySQL Bug #51203 com uma meta de 6,0.