Mysql
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Armazene os resultados do MySQL no array PHP para duas consultas


Não sei se você está verificando erros, preparando ou escapando de suas consultas, mas faça isso.

Para gerar sua matriz, você pode fazer isso com isso:
    $list = [];
    $countries = $link->query("SELECT country_id, country_name FROM countries ...");

    while ($country_row /*fetch from $countries*/) {

        $country_id = $country_row['country_id']; 

        $country_info = [
                'country_id' => $country_id,
                'country_name' => $country_row['country_name'],
                'country_cities' => []
         ];

        $cities_stmt = "SELECT city_id, city_name FROM cities where $country_id...";
        $cities = $link->query($cities_stmt);

        while ($city_row /*fetch from $cities*/) {

            $city_id = $city_row['city_id'];

            $country_info['country_cities'][$city_id] = [
                    'city_id' => $city_id,
                    'city_name' => $city_row['city_name']
            ];
        }

        $list[$country_id] = $country_info;
    }

Para exibir sua matriz, você pode fazer:
    foreach ( $list as $country_id => $country_info ) {

        echo "Country ID: $country_id<br />";
        echo 'Country Name: ' . $country_info['country_name'] . '<br />';
        echo 'Country Cities:<br />';

        $cities = $country_info['country_cities']; 

        foreach ( $cities as $city_id => $city_info ) {

                echo "   City ID: $city_id<br />";
                echo '   City Name: ' . $city_info['city_name'] . '<br />';
        }

        echo '<br />';
    }

Além disso, se você souber o ID do país ou o ID da cidade, poderá fazer:
    echo 'City Name: ' . $list[$country_id]['country_cities'][$city_id]['city_name'] . '<br />';