Eu enfrentei o mesmo problema. Acontece que o sistema não consegue acessar o hibernate-configuration-3.0.dtd a partir do URL fornecido.
<DOCTYPE hibernate-configuration PUBLIC
"-//Hibernate/Hibernate Configuration DTD 3.0//EN"
"http://www.hibernate.org/dtd/hibernate-configuration-3.0.dtd">
Então, eu referi-o a partir do sistema local.
<!DOCTYPE hibernate-configuration SYSTEM
"classpath://org/hibernate/hibernate-configuration-3.0.dtd">
Funcionou bem para mim. Espero que ajude!
