Como limitar o tempo de execução do sql

Para matar automaticamente uma consulta no MySQL após um longo tempo de execução:

Crie um procedimento armazenado como:

DECLARE CURSOR cur1 FOR SELECT ID 
                    FROM INFORMATION_SCHEMA.PROCESSLIST 
                    WHERE COMMAND = 'Query' AND TIME > 120;

então dentro do loop do curosr faça:

FETCH ID INTO @var_kill_id;
KILL QUERY @var_kill_id;

Crie EVENT FOR EVERY 5 SECONDS e apenas CALL o procedimento acima dentro dele.

Nota:KILL QUERY apenas mata a consulta e a conexão do MySQL não é interrompida. veja aqui .