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MySQL - JDBC - SELECT e DELETE ao mesmo tempo


Se você quiser que seu SELECT bloqueie leituras subsequentes nessa linha até que você a exclua, como Mark indica em seu comentário, você precisará
  • habilitar transações (setAutoCommit(false) )
  • defina o isolamento da transação como SERIALIZABLE e
  • use SELECT ... FOR UPDATE

Este código de exemplo funciona para mim:
conn.setTransactionIsolation(Connection.TRANSACTION_SERIALIZABLE);
conn.setAutoCommit(false);

Statement st = conn.createStatement();
ResultSet rs = st.executeQuery("SELECT token_id FROM tokens ORDER BY token_id LIMIT 1 FOR UPDATE");
rs.next();
int token_id = rs.getInt("token_id");
System.out.printf("Got %d.%n", token_id);
PreparedStatement ps = conn.prepareStatement("DELETE FROM tokens WHERE token_id=?");
ps.setInt(1, token_id);
ps.executeUpdate();
conn.commit();