Em primeiro lugar, você deve catch o erro, para que seu aplicativo possa lidar com isso corretamente e não trava quando a conexão mysql é fechada por qualquer motivo estranho. Tente com connection.on('error', ...) ou com blocos try-catch .

Para manter uma conexão aberta, você deve reconectar ao fechar. Ou simplesmente use a conexão de pool do mysql , que lida muito bem com a reconexão automática, com uma única alteração de código.

PS:O agrupamento de várias conexões geralmente é uma boa ideia para aplicativos assíncronos, como servidores, mas é seguro manter uma única conexão por meio do agrupamento (connectionLimit : 1 ) apenas para a própria reconexão automática.

PPS:O tempo limite de inatividade do Mysql pode ser configurado no my.cnf do servidor