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MySQL Select from category na tabela y onde Count (do produto da categoria de outra tabela) é maior que zero


Você pode usar EXISTS :
SELECT category, categoryID 
FROM categories AS c
WHERE EXISTS (SELECT 1 
              FROM products AS p
              WHERE p.categoryID  = c.categoryID )

ou um INNER JOIN :
SELECT DISTINCT category, categoryID 
FROM categories AS c
INNER JOIN products AS p ON p.categoryID  = c.categoryID

ou IN operador:
SELECT category, categoryID 
FROM categories 
WHERE categoryID IN (SELECT categoryID FROM products)