Você tem várias linhas na tabela de crédito, isso faz várias linhas antes do grupo pelo qual causa o problema. Você pode ver isso se retirar o grupo e selecionar todas as colunas.
Se você agrupar em uma subjunção, esse problema desaparecerá, então você terá uma linha por cliente antes do agrupamento.
SELECT
customers.id as id,
customers.cust_name AS customer_name,
SUM(cust_debit.debit_amount) as debit,
SUM(cust_credit.credit_amount) as credit,
(SUM(cust_debit.debit_amount)) - (SUM(cust_credit.credit_amount)) as balance
FROM customers
LEFT JOIN cust_debit ON customers.id = cust_debit.cust_id
LEFT JOIN (
SELECT cust_id, sum(credit_amount) as credit_amount)
from cust_credit
group by cust_id
) cust_credit ON customers.id = cust_credit.cust_id
GROUP BY customers.id
ORDER BY customers.id
