A primeira opção seria passar todas as suas consultas por meio de um wrapper:
function custom_mysql_query($sql)
{
$GLOBAL['query_count'] ++;
return mysql_query($sql);
}
Observe que é apenas para ilustração e sem tratamento de erros, etc.
Você pode consultar o MySQL para o número de consultas executadas:
mysql> SHOW STATUS LIKE 'Com_select';
+---------------+-------+
| Variable_name | Value |
+---------------+-------+
| Com_select | 2 |
+---------------+-------+
1 row in set (0.00 sec)
Você pode querer fazer algo como:
SHOW STATUS LIKE 'Com_%';
e, em seguida, adicione Com_select, Com_update, Com_insert e Com_delete
