(Em geral, hoje em dia eu faria tudo em UTF-8.) Há um longo pipeline de pontos onde a codificação pode ser definida. Do serviço da web, você provavelmente obtém XML em UTF-8. Isso é automaticamente lido corretamente, pois o XML lida com a codificação restrita.
No nível do banco de dados existe o banco de dados e a tabela e o campo com uma codificação padrão e explícita. Além disso, a url de conexão deve ser parametrizada para a codificação correta.
A mensagem de erro mostra os bytes UTF-8 para aquele A acentuado e acho que não está disponível em Latin1. Para MySQL, a string de conexão pode ser assim:
jdbc:mysql://localhost/MYDB?useUnicode=true&characterEncoding=UTF-8
