Houve alguns problemas relatados com baixo desempenho do RDS por pessoas. Embora a Amazon, até onde eu vi, não tenha reconhecido esses problemas.

O RDS (que é apenas uma versão personalizada do mysql) usa o ESB para o backend de armazenamento e, como tenho certeza, você está ciente da falha que eles acabaram de ter com esse serviço.

Eu li muitas empresas apenas executando seus próprios bancos de dados mysql em instâncias do EC2 porque mostra ter um desempenho mais confiável.