A consulta de atualização não está funcionando usando php

Eu não acho que seu user_id md5-ied está passando para a consulta de atualização porque dentro da condição top if não há função md5() que está fazendo a tarefa e você também deve ter certeza de que como o valor é armazenado dentro do banco de dados, é md5- ied user_id ou user_id normal? se para md5 user_id tente assim,

if(isset($_GET['user'])){
    $id = $_GET['user'];
    $id = md5($id);
    $sql = "UPDATE request SET email_verification=1 WHERE Id='$id'";
    $result = $conn->query($sql);
    if ($result === TRUE) {
        header('Location: index.php');
    }
    else {
        echo "Error updating record: " . $conn->error;
    }
}