O mesmo problema aconteceu comigo por causa de um schema_filter no meu config. Meu arquivo doutrina.yaml (Symfony 4) tinha o seguinte:
doctrine:
dbal:
schema_filter: ~^(table_1|table_2|table_3)$~
Eu tive que simplesmente adicionar "migration_versions" ao filtro de esquema assim:
doctrine:
dbal:
schema_filter: ~^(migration_versions|table_1|table_2|table_3)$~
