Mysql
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Uso de COUNT para exibir registros distintos com mais de 2 ocorrências no MySQL


Sua consulta está correta, você deu um espaço entre COUNT e (Cidade) deve ser COUNT(City) . isso vai funcionar bem. Sua consulta deve ficar assim:
SELECT City, COUNT(city) Counts
  FROM `table1` 
 GROUP BY City
HAVING COUNT(city) >=2;

Veja este SQLFiddle