Eu gosto de sugerir o seguinte design (muito parecido com o seu):
Em primeiro lugar, teremos três tabelas
USER -- UserId, other fields
COMPANY -- CompanyId, other fields
PHONE -- PhoneId, PhoneNumber
Então tem duas tabelas para armazenar a relação
COMPANY_PHONE -- CompanyId, PhoneId
USER_PHONE -- UserId, PhoneId
