Acabamos de nos deparar com esse problema e conseguimos encontrar uma solução que funcionou para nós. Parece que o Flyway usa pelo menos duas conexões:uma para bloquear o
schema_version table, e um para realmente executar os alters. Esse problema ocorre quando as alterações demoram o suficiente para fazer com que a conexão bloqueie o schema_version tabela para o tempo limite. A maneira mais fácil de corrigir isso é aumentar o MySQL wait_timeout para algo relativamente grande. No nosso caso, definimos para 480 minutos (ou 28800 segundos):set global wait_timeout=28800;
