Você pode querer adicionar um índice adicional para auxiliar na fase de contagem.
ALTER TABLE keywords ADD INDEX ckp_index (collection_id,keyword,pmid);
Se você já tiver um índice composto apenas com collection_id e palavra-chave, o Otimizador de consulta ainda incluirá uma pesquisa para o campo pmid da tabela.
Ao adicionar esse novo índice, isso removerá todas as varreduras de tabela e realizará apenas varreduras de índice.
Isso acelerará a parte count(distinct pmid) da consulta.
De uma chance !!!
