Quando você tem banco de dados com alguns dados e quer fazer algumas alterações no db você tem duas possibilidades:
- como você disse, recrie o banco de dados, mas isso removerá as tabelas (apagará seus dados).
- use migrações (você pode ler sobre isso aqui )
As migrações permitem que você não perca seus dados e instrua o sequelize sobre como alterar as tabelas.
Existe um ticket para recriar tabelas com alter tables em vez de drop tables aqui
