Configure vários 'grupos de conexão' para cada servidor em seu arquivo de configuração database.php e, em seguida, no modelo:
$DB1 = $this->load->database('group_one', TRUE);
$DB2 = $this->load->database('group_two', TRUE);
//read from DB1
$DB1->query();
//write to DB2
$DB2->insert();
Veja exemplos em:Conectando-se a vários bancos de dados
