select ref, count(distinct id) from table group by ref;
Isso lhe dará uma contagem de id distinta por ref.
select ref, count(*) from table group by ref;
Isso lhe dará o número de registros por ref.
EDITAR:
Tente isso para obter a saída desejada.
select t.*, m.counter
from table t
join (
select ref, count(distinct id) as counter
from table group by ref
) m on t.ref = m.ref
Exemplo no SQLFiddle:http://sqlfiddle.com/#!9/2b93c/2
