Aposto que sua codificação não é suportada no MySQL WorkBench.

Você pode alterar a codificação ao salvar um arquivo .sql.

1. Selecione Arquivo|Salvar.sql como para chamar a caixa de diálogo Salvar como.
2. Observe que o botão Salvar no canto inferior direito tem um ícone suspenso para indicar as opções.
3. Selecione o ícone suspenso e escolha o item de memu de contexto "Salvar com codificação".
4. Selecione uma codificação que funcione no MySQL Workbench.