Unindo duas tabelas no repositório JPA

Então você está consultando consultas nativas, então você precisa passar nativeQuery =true para consultar o argumento. Além disso, você precisa adicionar @Repository anotação para TransictionRepository interface. Isso nada mais é do que sua camada Dao.

package com.overflow.overflow.service;

import java.util.List;

import org.springframework.data.jpa.repository.JpaRepository;
import org.springframework.data.jpa.repository.Query;
import org.springframework.stereotype.Repository;

import com.overflow.overflow.models.Transictions;

@Repository
public interface TransictionRepository extends JpaRepository<Transictions, Long> {
    @Query(nativeQuery = true,
            value = "SELECT transiction.user_id, transiction.quantity,transiction.instrument_name, transiction.Price,instrument.LTP"
            + "FROM instrument"
            + "INNER JOIN transiction"
            + "ON instrument.instrument=transiction.instrument_name")
    public List<Object[]> getTransictionsAndInstruments();
}