\n é uma quebra de linha no linux, mas o Windows usa \r\n Assim, este código faz o que você quer
SELECT `col1`, `col2`
FROM table
INTO OUTFILE 'C:/filename.csv'
FIELDS TERMINATED BY ','
LINES TERMINATED BY '\r\n';
Muitas outras ferramentas como Excel, Notepad++ ou WordPad podem ler arquivos com
\n e \r\n , para que eles não sejam afetados por essa alteração e exibam o arquivo corretamente tanto com seu código original quanto com essa modificação. 
