Atualmente, não estou na frente do mecanismo de banco de dados sql e, portanto, não posso enviar código sql totalmente verificado. no entanto, se o seu campo num não for um campo de incremento automático, faça algo assim:
CREATE TEMPORARY TABLE temp_table_x (
num int auto_increment primary key,
reference_id int
);
INSERT temp_table_x (reference_id)
SELECT id FROM source_table ORDER BY id;
UPDATE source_table st
SET st.num = x.num
FROM temp_table_x x
WHERE reference_id = id;
