A propriedade que você precisa definir é chamada "adonet.factory_class". Use qualquer um dos seguintes:
<property name="adonet.factory_class">assembly-qualified-name</property>
ou
configuration.SetProperty(
Environment.BatchStrategy,
typeof(MySqlClientBatchingBatcherFactory).AssemblyQualifiedName);
ou conforme observado no readme do próprio batcher (https://github.com/Andorbal/NHibernate.MySQLBatcher):
config.DataBaseIntegration(db =>
db.Batcher<MySqlClientBatchingBatcherFactory>());