Existem várias maneiras que isso pode ser feito.1. Converta seu CSS para PHP, ou seja, CSS é gerado, mas tudo pode ser dinâmico - provavelmente um exagero para algumas cores2. Substituir os estilos na folha de estilo
A maneira mais simples, provavelmente não a melhor, é a número 2, sobrescrever o estilo após a folha de estilo com a nova cor.
ou seja (código sudo)
<html><head>
....
<style ... src="..." />
<style>
// from db
#custom { background: #<?php echo $colour; ?> }
</style>
etc
