Fundamentalmente, não há diferença entre o join implícito e o JOIN explícito.. ON. Os planos de execução são os mesmos.

Prefiro a notação explícita, pois facilita a leitura e a depuração. Além disso, na notação explícita você define a relação entre as tabelas na cláusula ON e a condição de pesquisa na cláusula WHERE.