Apoiando-se no sqlfiddle do Lad2025 e esta resposta inteligente de Pavel
Esquema
CREATE TABLE tab(
id INTEGER NOT NULL PRIMARY KEY
,sets VARCHAR(6) NOT NULL
);
INSERT INTO tab(id,sets) VALUES (1,'1');
INSERT INTO tab(id,sets) VALUES (2,'1,2');
INSERT INTO tab(id,sets) VALUES (3,'1,2,4');
INSERT INTO tab(id,sets) VALUES (4,'1,2,6');
INSERT INTO tab(id,sets) VALUES (5,'3,8,9');
INSERT INTO tab(id,sets) VALUES (6,'7,8,9');
INSERT INTO tab(id,sets) VALUES (7,'5,8,9');
Consulta
-- 1,2,3,6 ... seek this
select * from tab
WHERE CONCAT(",", `sets`, ",") REGEXP ",(1|2|3|6),";
+----+-------+
| id | sets |
+----+-------+
| 1 | 1 |
| 2 | 1,2 |
| 3 | 1,2,4 |
| 4 | 1,2,6 |
| 5 | 3,8,9 |
+----+-------+
Melhor ainda, veja os comentários acima em questão para normalização de dados. Você pode obter o uso ideal de índices se fizer isso.