Classifique os dados pela PRIMARY KEY . É provável que seja mais rápido classificar um arquivo de 40 GB com o comando sort do que fazer com que o MySQL o faça.

Definir innodb_buffer_pool_size para cerca de 70% da RAM disponível. Quanta memória RAM você tem?

Tenha a PRIMARY KEY já estabelecido na mesa.

Não tem índices secundários ou FOREIGN KEYs ou Acionadores. Adicione-os mais tarde. Sim, leva tempo.

Confirme se você realmente precisará de todos esses índices.

Os dados podem ser reduzidos um pouco escolhendo um DECIMAL(20,6) menor que 10 bytes .