Se um dos seus requisitos for "criptografar todo o tráfego entre C# e Mysql", recomendo configurar o require_secure_transport variável do sistema (no seu servidor MySQL) para 1. Isso evitará que qualquer conexão insegura seja criada.

Você também precisará configurar seu MySQL Server para usar SSL, conforme este tutorial (que você citou nos comentários).

Em seu programa C#, certifique-se de ter SslMode=Required em sua cadeia de conexão. Isso garantirá que todo o tráfego entre C# e MySQL, incluindo consultas e respostas, seja criptografado (além de um handshake curto de texto simples no início de uma conexão).

Feito isso, o Echo Mirage (ou qualquer ferramenta de captura de pacotes de rede) não poderá ler o texto simples das consultas no fio.