Eu me deparei com esse mesmo problema ao implementar o SugarCRM como uma solução multilocatário. Você tem algumas opções.
1) Entre no estúdio e defina o tamanho de seus campos para um valor menor. Cada caractere em um campo varchar tem, em média, alguns bytes de tamanho. Portanto, se você reduzir a quantidade de caracteres permitidos para cada um de seus campos no studio, você permitirá mais campos em seu módulo. (consulte http://dev.mysql.com /doc/refman/5.0/en/column-count-limit.html ).
2) Divida esses campos em alguns módulos relacionados a um módulo pai. Isso espalhará seus campos por mais de 1 tabela, evitando que você atinja o limite.
Ficarei feliz em ajudar mais se você precisar de uma explicação mais detalhada de qualquer uma das soluções.