Adicionar MYSQLI_USE_RESULT como o modo resultado parâmetro para o mysqli::query call para iterar os resultados uma linha de cada vez, sem transferi-los todos para o PHP em um grupo. Veja também a documentação para mysqli::use-result .

Escreva cada linha diretamente no arquivo de saída, evitando o $result variável. Combinado com o acima, isso pode fazer com que cada linha seja buscada do servidor e gravada no arquivo, então o PHP não terá que armazenar mais de uma linha por vez.