Um INSERT , UPDATE , ou DELETE operação bloqueia as tabelas relevantes [myISAM] ou linhas [InnoDB] até que a operação seja concluída. Se um SELECT vier tentando ler um objeto bloqueado, ele aguardará a conclusão da operação.

Vale a pena notar que, a menos que seu servidor esteja terrivelmente sobrecarregado, ou seu INSERT /UPDATE /DELETE número de operações nos muitos milhares de linhas, ou ambos, você nem notará a espera.

Resumindo:nem se preocupe com o que você descreveu.