Tente se livrar do
distinct . Isso é um assassino de desempenho. Não sei por que sua primeira consulta funciona rapidamente; talvez o MySQL seja inteligente o suficiente para otimizá-lo. Eu tentaria:
SELECT tt.id
FROM tracked_twitter tt
WHERE EXISTS (SELECT 1
FROM twitter_content tc INNER JOIN
tracker_twitter_content ttc
ON tc.id = ttc.twitter_content_id
WHERE ttc.tracker_id = 88 AND
tt.id = tc.tracked_twitter_id
)
ORDER BY tt.followers_count DESC ;
Para esta versão, você deseja índices em:
tracked_twitter(followers_count, id) , twitter_content(tracked_twitter_id, id) e tracker_twitter_content(twitter_content_id, tracker_id) . 
