Parece que o MySQL mudou o formato. Agora é
slow_query_log não log_slow_queries . Isso funciona:
slow_query_log = 1
slow_query_log_file = /var/log/mysql/slow.log
long_query_time = 5
slow_query_log não log_slow_queries . slow_query_log = 1
slow_query_log_file = /var/log/mysql/slow.log
long_query_time = 5
