Verifique se a coluna existe, caso contrário, adicione o MySQL através do PHP

Você pode alterar seu SQL para...

//THIS IS BETTER BUT DONT USE THIS
$qry = "ALTER IGNORE TABLE {$table} ADD {$column} VARCHAR(20);"

Em vez disso, use PHP PDO ou MySQLi com instruções preparadas. Em vez daquele horror legado com strings sem escape concatenadas.

Solução MySQLi:

$mysqli = new mysqli($cfg->host, $cfg->user, $cfg->password, $cfg->db);

if ($mysqli->connect_errno) {
    echo 'Connect failed: ', $mysqli->connect_error, '" }';
    exit();
}

if ($stmt = $mysqli->prepare("ALTER IGNORE TABLE ? ADD ? VARCHAR(20);")) {
    $stmt->bind_param("ss", $table, $column);
    $stmt->execute();
    $stmt->close();
}
$mysqli->close();