Dê uma olhada em Esta postagem no InnoDB você precisa fazer uma varredura completa da tabela, onde como no MyISAM é uma leitura de índice.

Se você usar um where Apesar de alterar o padrão de execução para usar índices, em geral o InnoDB será mais lento que o MyISAM em contagens irrestritas completas, onde o desempenho corresponde a contagens restritas.