Consultar mysql e exportar dados como CSV em PHP

Se você deseja gravar cada linha do MySQL em um arquivo CSV, você pode usar a função PHP5 incorporada fputcsv

$result = mysqli_query($con, 'SELECT * FROM table');
$row = mysqli_fetch_array($result, MYSQLI_ASSOC);

$fp = fopen('file.csv', 'w');

foreach ($row as $val) {
    fputcsv($fp, $val);
}

fclose($fp);

Que deve retornar uma string separada por vírgulas para cada linha gravada em file.csv :

row1 val1, row1 val2
row2 val1, row2 val2 
etc..

Certifique-se também de verificar as permissões para o diretório em que você está gravando.