Segue a solução que implementei:

Isso converterá NOW do fuso horário local para UTC
SELECT CONVERT_TZ( NOW(), @@session.time_zone, '+00:00' )

Isso converterá qualquer string TIMESTAMP do fuso horário local para UTC
SELECT CONVERT_TZ( "2012-02-14 16:44:36", @@session.time_zone, '+00:00' )