Laravel insere em 3 tabelas relacionadas

Quando você está executando este código

$pharmacists->account()->save($account);
$pharmacy->pharmacists()->save($pharmacists);

Na verdade, não há dados para pharmacy_id então esse é o problema. Portanto, você deve alterar seu esquema para pharmacy_id e defina seu valor como default 0

$pharmacy = Pharmacy::create([
                "name" => "Wendies Chicken",
                "address" => "My Address",                        
            ]);

$pharmacy->pharmacists()->save([
    "fname" => "Administrator",            
]);

$pharmacy->pharmacists()->account()->save([
    "username" => "root",            
]);