você pode juntar uma soma total que não está agrupada ou dividida e dividir isso pela sua consulta de soma. desta forma você está apenas fazendo a seleção total uma vez para um tempo de execução mais rápido
SELECT cat, sum_atual, sum_atual/total_atual as percent_atual
FROM
( SELECT categories.cat AS cat, SUM(atual) AS sum_atual
FROM `table1`
JOIN categories ON table1.category_id=categories.id
GROUP BY categoria
) t
LEFT JOIN
( SELECT SUM(atual) as total_atual
FROM `table1`
) t1